Мир будущего погрузился в хаос после глобальной катастрофы, разделившей человечество на два враждующих лагеря. В разрушенном Чикаго выжившие ютятся за гигантской стеной, защищающей их от не только от внешних угроз, но и от правды о собственном прошлом. В центре этого хрупкого общества оказывается молодой парень по имени Томас, который прибывает в подземный лифт с пробелами в памяти, помня лишь своё имя. Он попадает в Глейд — изолированное сообщество юношей, живущее по строгим правилам и пытающееся разгадать загадку гигантого Лабиринта, что окружает их поселение. Каждый месяц лифт привозит нового парня и припасы, а каждую неделю открываются массивные стены Лабиринта, впуская искателей ответов — Бегунов. Их задача — картографировать постоянно меняющиеся туннели в надежде найти выход, однако никто из тех, кто оставался в Лабиринте на ночь, не возвращался живым. Лабиринт кишит смертоносными механическими тварями — Гриверами, чья единственная цель — убивать. Жизнь в Глейде идёт своим чередом, пока однажды всё не меняется: лифт привозит первую и последнюю девушку, Терезу, которая в своём бессознательном состоянии произносит лишь одну пугающую фразу: «Всё изменится». С этого момента привычный порядок рушится — стены Лабиринта перестают закрываться на ночь, а Гриверы начинают проникать в Глейд, вынуждая Томаса и небольшую группу выживших, включая его друга Чакка и опытного Бегуна Мино, принять отчаянное решение. Они осознают, что единственный шанс на спасение — не искать выход из Лабиринта, а пробраться в его самое сердце, в место, которое Бегуны называют Кодом, надеясь, что это откроет тайны их существования и приведёт к свободе. Сюжет стремительно развивается, когда Томас и его товарищи, преодолевая смертельные ловушки и сражаясь с Гриверами, обнаруживают, что Лабиринт — это не просто тюрьма, а сложное испытание, созданное таинственной организацией «ВИКИ» для отбора самых сильных и сообразительных. По мере продвижения к Коду герои начинают собирать воедино обрывки своих воспоминаний, понимая, что они — часть грандиозного эксперимента, целью которого является поиск лекарства от смертельного вируса «Вспышки», опустошившего планету. Их побеги, страх и борьба за выживание тщательно изучаются и анализируются учёными, которые наблюдают за каждым их шагом. Финальное противостояние в Коде открывает им ужасающую правду: они были добровольцами, чьи воспоминания стёрты, а весь Глейд и Лабиринт — лишь первая фаза испытаний. Сделав сложный выбор и победив главного Гривера, группа Томаса находит координаты, ведущие в убежище учёных, и покидает Лабиринт, оставив позади многих друзей. Однако долгожданная свобода оборачивается новой загадкой — за стенами Лабиринта их ждёт не цветущий мир, а выжженная пустошь, охваченная песчаными бурями, и таинственная женщина, которая забирает Терезу и объявляет, что испытания только начинаются. Они вырвались из ловушки, но попали в ещё более масштабную и опасную игру, где ставки — будущее всего человечества.